近年来，我州强化工作措施，认真制定、组织实施传染病防治方案和突发公共卫生事件应急预案，全州甲、乙类传染病报告发病率由2000年的321／10万下降到2005年的220.66／10万，连续8年实现无重大传染病暴发流行的工作目标，传染病防治工作取得了明显成效。
全州健全完善了由州县疾病预防控制中心、215个乡镇卫生院、2055个村卫生室组成的四级疾病预防控制体系。建立了由8县市卫生监督所组成的州县两级卫生执法监督体系。建立了由州县人民医院传染病区、215个乡镇卫生院传染病门诊组成的传染病救治体系。依托州紧急医疗救援中心和7县“120”建立了突发公共卫生事件紧急救援系统。2004年，全州启动了“国家疾病报告信息管理系统”，全州43个县级以上医疗卫生单位全部实行网络直报，215个乡镇卫生院和少数村卫生室实行了电话直报。全州组建了39支348人的突发公共卫生事件应急处置队伍，开展了多次演练，配备了应急设施、设备、预防消毒药品、传染病诊断试剂等，为应对各种传染病的暴发、流行和各种突发公共卫生事件打下了良好的基础。各级政府加大了对农村卫生工作的投入，通过改水、改厕、建沼气池等方式带动农村环境卫生的整治，预防和减少疾病发生。“十五”期间，投入资金3231.5万元，完成农村改水工程300多处，解决了40多万农村居民的饮水问题；投入资金8019万元，完成卫生改厕工程2.5万多处，沼气化改厕5万多个。
2003至2006年，我州未发生“非典”病例和人禽流感病例。2005年底，全州儿童“五苗”全程接种率以乡镇为单位达89.15％，全州连续5年无霍乱病例发生，对肺结核病人实行“以奖代补，集中治管”政策，2003年至2005年，新发涂阳病人3702例，治疗成功3453例，占93.3％。